De directe oorzaak ligt in de rekbewegingen langs de randbreuken van de Rijnslenk en de Roerdalslenk, die ertoe leidden dat magma kon opstijgen en vulkanen gevormd werden aan het oppervlak. De indirecte oorzaak is de botsing van de Afrikaanse plaat met de Euraziatische plaat waardoor in Z(O)-N(W) richting druk optrad en in ZW-NO richting rek.
De Tertiaire afzettingen zijn gevormd in verschillende bekkens, die onderling niet met elkaar in verbinding stonden. Daardoor zijn de fossielen in alle bekkens verschillend, en is een correlatie vaak niet mogelijk. Bovendien hebben de afzettingen vaak ook nog een verschillende faciës. De correlatie van continentale afzettingen met mariene afzettingen is vrijwel altijd een probleem.
Een transgressie kan bijvoorbeeld ook veroorzaakt worden door lokale of regionale bodemdaling, en hoeft dus niet altijd veroorzaakt te worden door een wereldwijde zeespiegelstijging
De kaping van de Aare wordt in de Rijnsedimenten in Nederland weerspiegeld door het voorkomen van het zware-mineraal saussuriet, dat afkomstig is uit de Alpen. Dit mineraal komt sinds het begin van het Pleistoceen in de Rijnsedimenten voor.